就在她幽居慈宁宫的这些日子，由她的儿子朱翊钧宸纲独断
的朝局，正在急遽地发生变化。继撤查冯保之后，他采取的又一个暴风骤雨式的行动就是彻底清算张居正。去年刚过小雪节，在平台召见了内阁首辅张四维之后，朱翊钧突然颁旨谕告全国，撤消赠给张居正的“文忠公”谥号。不几天，第二道谕旨又刊载在通政司的邸报上，张居正生前受封的太师、上柱国等爵号一并剥夺。春节前，第三道旨又明发出来。收回皇上对张居正的一切诰赠，连赐给他的瓷器、银章、八宝银锭以及题匾等，无分巨细一一追缴。此前，自王国光被革职到冯保的家被抄，一连串的消息已使所有领取朝廷俸禄的官员确信政坛的风向已变。但他们仍心存侥幸，认为皇上如此行事，是对他万历六年因曲流馆事件差一点被废除一事的报复。对于张居正殚精竭虑矢志推行的“万历新政”，皇上还会一如既往地实施推行。但是，随着一大帮因张居
正整饬吏治实行“考成法”而被罢黜的官员的起复，这些人才相信，皇上在秋后采取的所有举动，显然都经过深思熟虑。种种迹象表明，他对自己登极十年来，由他的母亲李太后、张居正与冯保三人组成的牢不可破的“铁三角”，已是深为痛恨。如今，他要尽快地摆脱这个“铁三角”对他的钳制。当务之急，除了大量撤换他们相信的官员，还必须将他们推行的种种改革予以纠正。如果不这样，人事的更换便完全没有道理。基于此，朱翊钧对张居正的清算，便由表及里、由近及远步步为营地全面展开。自冯保被发配南京“闲住”，李太后幽居慈宁宫与佛为伴，再没有任何一个人可以对朱翊钧形成制约。所以，他才能为所欲为在一个月里连下三道谕旨，将他多年来陆续颁赐给张居正的所有荣誉一概剥夺。万历十一年的春节，京师各大衙门的官员都是在风声鹤
唳惶惶不安中度过。自己为了避祸而申请致仕的，遭人弹劾而被免职的官员几乎每天都有十几个，而每天前来吏部报到的起复的谪官贬官也不在少数。这种乱哄哄的场面让一些矢志国事的良臣循吏深感寒心，也让一些局外人深刻地领会到什么叫官场险恶，尺水狂澜。
过罢春节，朱翊钧又亲书一道谕旨，由司礼太监张宏送至内阁：
说与首辅张四维，辅臣申时行、余有丁、许国等知道，即命刑部右侍郎邱橓、东厂掌印太监张鲸率入前往湖广荆州府，查抄张居正府邸。各有司配合，不得有误。钦此。
这道圣旨由张鲸代拟，发阁之前，张鲸已将草稿送给张四维秘密改定。而且，正是由他亲自推荐刚刚到京履职的邱橓担此重任。他知道因张居正生前拒不起用邱橓这一过节，邱橓对张居正已是恨之入骨。现让他前往荆州查抄张居正的家，他一定会铁面无情不遗余力。朱翊钧对张四维这一建议深为嘉纳。但是，当中旨到阁之日，张四维却假装震惊，立即领头与三位阁臣一齐具名向御前呈进阁本，恳求皇上念及张居正生前辅政有功，不要对其抄家。朱翊钧读到阁本，立即批复回来：“尔等维护欺君之人，是何用意?谁敢为虎作伥，朕绝不姑息!”措辞如此之严，阁臣们一个个吓得面如土灰。在死一般的沉寂中，邱橓与张鲸率领一大队缇骑兵，“以天将降大任于斯人也”的英雄气概，神色庄严地离开了北京城。
十七天后，他们到达了荆州城。在他们到来的前六天，荆州知府吴熙——也就是万历六年张居正回家葬父时鞍前马后小心服侍的那个人——就得到了京城通政司邮递来的移文。他一看到抄家的圣旨，立刻就将全府捕快衙役统统集合起来，冲进东门街上的张大学士府，将府中所有人，上至张居正的八旬老母赵太夫人，下至尚在襁褓中的婴儿，以及一应仆役，总共百十口人全部赶出，押送到张家老屋——那一栋已多年不曾住人的空房子里关押，并将其大门钉死，既没有一个人能进去，也没有一个人能出来。而昔日重门深禁灯火灿烂的张大学士府，转眼间变成了一座鬼气森森的空城，大门上贴着封条，四周布满了岗哨。尽管这样，吴熙还提心吊胆，生怕有什么地方想得不周全而让即将到来的钦差怪罪。
邱橓与张鲸到达之日，已是半下午。他们先被迎进楚风馆里安歇，稍事休息，又吃过吴熙为他们摆起的接风盛宴。酉时过尽，邱橓打着酒嗝，这才命吴熙领路，要往张家老屋清点被拘禁之人。待捕快将钉死的大门打开，借着衙役手中的几十盏西瓜灯一看，眼前的景象，竞让如狼似虎的缇骑兵们不寒而栗。只见百十口人，分躺在十几间屋子里。因为他们被赶出张大学士府的时候，什么都不准带，老屋里除了藓苔尘吊，也是空空如也，既没有一粒米，也没有一口水。所以张居正的所有被圈禁的亲人，已是整整六天粒米未进，滴水未喝。他们中不少人已饥饿而死，没有死的人，也都奄奄一息。看到大队的官员和缇骑兵进来，他们除了能够艰难的转动眼珠之外，竟没有一个人能够说出话来。邱橓怕事情闹大，连忙下令抢救，没断气的人都抬出去喂米汤，断气的人——一共是十七个，其中有三个婴儿，一个是张居正的孙儿，两个是他的孙女，赶紧挖坑掩埋。第二天早上，刑部、东厂以及荆州府三方汇齐，一起打开张大学士府进行抄家。历时七天，被抄家产便登记完毕，连同此前抄没的张居正在北京纱帽故同的居所，两地共抄出现银十一万两，黄金三千余两，另还有一批名画古玩，以及张居正父亲张文明购置的七千多亩水田。张居正的整个家财，尚不及
冯保的二十分之一，这一结果，令邱橓和张鲸大失所望。他们断定张居正的家产远远不止此数，便想当然地认为是张居正的儿子们趁“钦差”到来之前转移了资产。于是，他们将张居正的大儿子，正在守制的原礼部主事张敬修从拘禁地提出来严刑拷打，并将事先预备好的一份转移资产的清单拿出来要张敬修签字画押。在这份清单上，载明由张敬修将二十万两银子寄存在王篆家里，二十万两银子寄存在李幼滋家里，十五万两银子寄存在曾省吾家里。这三个人都是张居正生前信任的密友，且都是荆州府人，除李幼滋因年过六十于万历八年从工部尚书任上正常退休之外，王篆与曾省吾都是于去年冬天被朱翊钧下令革职的二品京官。邱橓与张鲸商量对他们栽赃陷害，可谓一举两得，既能将张居正的亲信们一网打尽，又可让张居正的家产大幅增加——这样就能证明皇上下令对张居正抄家的旨意无比正确。张敬修素来老实，在突然飞来的横祸中，早已吓得手足无措。加之邱橓下令对他施以酷刑，他实在坚持不住，只得战战抖抖地在那份清单上签字。邱橓如获至宝拿着这“铁证如山”的口供，下令立即前往应山、嘉鱼、夷陵等州县抄查李幼滋、曾省吾、王篆三人的家。第二天，被折磨得死去活来的张敬修听说前往上述三处进行抄家的缇骑兵已经从荆州出发，这
才意识到自己屈打成招的口供将要给父亲生前的政友们带来灭顶之灾。独囚一室的他，于是撕下贴身穿的对襟白褂，咬破中指，以血为墨，写下控诉信一封，信中斥张四维为活阎王、邱橓为催命的判官。并将邱橓如何对他折磨羞辱，要他诬陷李幼滋、王篆、曾省吾等人的内幕加以揭露。书罢，他将道袍撕成条状结为绳子，于夜深人静时悬梁自尽。
十几天后，当这一消息传到北京，特别是读到张敬修留下的血书之后，京城的许多官员深为震惊。当年张居正亲自为朱翊钧选定的六名讲官之一，时已升任为左春坊谕德的于慎行，写了一封《致邱侍郎》的公开信，劝他不要公报私仇，落井下石。这封信一经问世，立刻广为传抄，人心向背，于此可知。更有一位工部尚书潘季驯——张居正生前最为信任的治河专家，这时也不避嫌疑挺身而出，上书内阙，要皇上念其张居正柄国十年，厉行改革，厥功甚伟，若死后追逼太过，恐会引起天下谤议。朱翊钧看到这封奏折，顿时气得七窍生烟，他万万没有想到，经过八个多月的调理整治，居然还有人敢冒天下之大不韪为张居正鸣冤叫屈：张居正曾称赞潘季驯是万历朝根治水患的第一功臣，朱翊钧也承认这一点。所以，当他将张居正信任的大臣尽行撤换之时，对潘季驯，他却手下留情。但现在势所难容，朱翊钧在西暖阁暴跳如雷，冲着读折的秉笔太监张诚吼道：“纵然天底下的黄河、长江、淮河一齐溃口．朕也坚决要将这潘季驯革职为民。”三天后，潘季驯怆然离开了北京，前来为他送行的官员，竞有数百人之多。法不责众，朱翊钧虽然恼怒，却又不得不有所收敛。他本来还有对张居正开棺鞭尸的打算，现在只好取消。并下令邱橓不要株连太广。这样，
李幼滋、王篆、曾省吾等人终于躲过一劫，但对张居正的家人，朱翊钧却决不肯通融。到了四月份，对冯保、张居正两大案的处置，大理寺判决如下：冯邦宁、徐爵、游七、陈应凤等人斩首西市；冯保由南京闲住改为充当净军；张居正的弟弟张居谦革去锦衣卫副指挥使职位，发配云南充军；张居正的二儿子嗣修，四儿子简修均革去功名荫职，俱发蛮瘴之地；三儿子懋修——也就是万历七年的状元，被革去功名及官职原籍闲住——他之所以没有发配边塞，乃是因为他三次自杀，均被人救下，已成残废。余下老五、老六两个儿子，都尚未参加乡试．也被革去秀才功名斥为编氓：冯保所有财产全部没收，张居正北京、荆州两处房产及所有金银古玩全部充公，只留下一百亩薄田，作为张居正老母赵太夫人的赡养之用。